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第三十二章生化之美(2/3)

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不同的表达(a*b)可以视为量子衍生的网络的矩阵的运算,其连接需要同样的基底。同时其形成层次的机制与蛋白质的氨基酸连接相似,有共性和特性,层次的局域化,层次的相似性

网络的收敛半径是很重要的,如细胞的大小就是一个很好的例子。

网络的理解形式使得观察只是一次表达,需要多次的观察从而分析其出现的频率才能理解其网络形式

细胞必须和细胞外基质一起理解

细胞通讯和信号转导就是网络的结构,每一步的连接都是概率的,通过整体的耦合,使得能够发挥出整体的性质,一种本征。

生物的行为都是层次耦合的网络选择性表达,基于层次的循环特性和整体的生命周期性行为,我们可以将生物的一切行为视为多周期的耦合(概率网络),其具体的表达可能有所不同,但在更大的层次又可以涌现出周期的规律(可被观测)

网络的数学形式以微分方程表示,其有特征解和一般解(系数可以不一样,这是一种选择性表达),其都是周期的。同时可以泰勒级数展开成多层次(可否视为本征的运算?)

周期的耦合必然有傅里叶分析

转化是input通过一个循环变成output的过程,,这循环就是量子层次,生物分子的转化

己糖激酶是调控酶,受葡萄糖-6-磷酸的抑制(不可逆反应决定网络的方向,调控是多层次的,使得网络处于一个动态平衡)

循环链的进行是更高层次的概率坍缩,如呼吸链,其组分的性质有一定的分层,这是作用的顺序,但其分布不均匀,从而导致一定的概率

新陈代谢是网络的整体状态,其可以视为一个波函数,不同的观测即不同层次的耦合使得其表达为不同的路径或本征,其中表达的概率大的就是中心节点,小的就是一般节点,这是有一定的分布的。其可以根据不同标准分为不同的类别组合:激活和抑制;合成和分解;但其势必有一定的路径耦合这些相对独立的通路(如中心节点的路径)

游离酶的集合,多酶复合体的耦合,膜结合酶的分布

能量=速度=网络的稳定=交流(辅酶a,fmn,fad递能)

分解代谢和合成代谢的调控势必经过网络的震荡最终形成一定的层次耦合的结构,但这是剧烈变动的,需要一定的比较稳定的节点来调节,即相对独立的区域如细胞器。

信号传递本质上是变化和抵抗性变化的综合作用,不同的可能变化的连接不断的构建和断裂,使得有一定模式涌现,即本征。

不同层次有着不同收敛半径的环路

复杂的信号传递系统,其本征的结果用来调控机体活动,或者说机体活动是网络的本征,即概率的选择性表达。这是多层次的耦合,也是分布函数的耦合

特定的物质,即信号分子,和特定的组合,即受体,其作用的形式是通过改变概率,再在大规模的层次选择性表达获得一定的本征活动

络的比较大概率的本征,路径的个体是概率性连接的

信号本身是由细胞分泌,说明网络是不同层次的耦合的结构,这也是分工的边际效用的一个例子(外来的和尚好念经等等)

信号分子(蛋白质,氨基酸,类固醇,脂酸衍生物,气体)本身就有一定的结构,即信息,使得其能够和受体匹配,这依赖一维的相似性和空间结构的相似性。其分布也是网络的一个结构,神经(不同的部位也有不同的效应),内分泌等等的组织(大的层次)和旁分泌(小的层次,扩散范围和作用时间)还有细胞内部的调节

细胞内部是多层次的耦合,这种模式由染色体的基因表达得以保障,其也是基因的形成的原因(信息富集),无机离子,各种有机衍生物是随机地进行调节,只有在足够大的时空范围才能将改变的概率表达,而且还有组织,器官等等的层次的稳态调节

以受体的匹配或结合为作用的基本单位,扩散到离子通道蛋白,蛋白的活性,修饰,可以最终影响各个层次的表达

层次的偶联,是变化带动变化的关键,网络的本征。10111001010110101110的网络激活和抑制

互动是多层次的耦合,这是交流的方式,使得本征得以体现

信息通路的耦合,形成一个矩阵,其不同层次的缺失或者过度表达使得其本征的表达不同。

位置(膜,器膜,神经,内分泌等等的分布),作用形式(激活或抑制,网络的本征),保守结构和可变区的耦合

概率是一种比例,比例有一定的结构,理想情况是平衡的达成如k。但现实是波动的,我们要确保比例在一定范围内波动就可以保证网络系统的稳态

部位不同的细胞有着结构组成,物质代谢等等的异质性

肝在脂类代谢的中心地位,其在五行是木,主和顺:肝是血糖的缓冲体系,脂类代谢,蛋白质的合成分解代谢

生物转化,不同层次的代入,需要中心的节点如乙xian辅酶a,tca,atp

偶联:代谢物转变时释放的自由能提供另一种代谢物的转变,一个热力学上不利的反应可被热力学有利的反应驱动,放能反应时生成高能化合物提供吸能反应所需的自由能

肝一方面调节脂酸氧化(线粒体)与酯化(内质网)的关系,另一方面调节乙xiancoa进入三羧酸循环氧化分解与合成tong体的关系。

当肝内脂

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