考虑完武器装备的问题，接着就是水师的编制了，朱慈炅准备还是沿用军团的编制，将这二十万水军分成两个军团，或者说两个水师。
一个以郑芝龙的水军为主，编制十万，配备一级风帆战列舰二十五艘，福船五百艘，小型战船一千五百艘，以福建水师基地作为作为主基地，主要负责东南沿海的海防，同时负责保护印度洋区域的大明商船，为大明的海外驻军运送武器、弹药和辎重。至于名字，就叫南洋水师，南洋南洋，或许有一天，整个南洋都将是南洋水师的天下。
一个以大明的水军为主，不够的从郑芝龙的水军里面补，将山东、南直隶、浙江、福建、广东的水军全部集合在一起，组成十万人的军团，编制十万，配备一级风帆战列舰二十五艘，福船五百艘，小型战船一千五百艘，以东大营新港作为作为主基地，主要负责东部沿海的海防，同时负责清剿东海一带的海盗和倭寇，为殖民东瀛做准备，名字就叫北洋水师，这个名字在某段历史上是一个惨痛的回忆，但是在大明，在崇正朝，他必将创造一段辉煌的历史。
至于海军将领，朱慈炅感觉很无奈，大明水军这边也就登莱水军总兵黄龙可堪一用，其他的朱慈炅怎么看，怎么感觉不靠谱。倒是郑芝龙手下，郑芝虎、郑兴、郑明、杨耿、陈晖、郑彩等等，一个个都彪悍异常，一看就是不可多得的猛将。
在这种情况下如果因为他们的出身而不重用他们，反而重用一些不靠谱的明军将领，他们心里肯定会产生芥蒂。而且一旦重用这些不靠谱的明军将领，战斗力必将降低一个档次，所谓兵怂怂一个，将怂怂一窝，朱慈炅可不想大明水师最终变成豆腐渣工程，所以他决定大胆启用郑芝龙手下的将领。
所谓疑人不用，用人不疑，至少在郑成功当权那会儿，这些人里面没有出现过一个叛徒，这样就足够了。以后这水师就是交给郑成功统领的，他们在南明那么恶劣的形势下都没有背叛郑成功，那么在崇正朝，在形势一片大好的情况下，他们更不可能背叛郑成功。
既然决定重用郑芝龙手下的将领，朱慈炅就不再犹豫了，直接把南洋水师和北洋水师的高级将领全部定了下来。他当天就下了圣旨：
提黄龙为提督同知，担任北洋水军主将，提杨耿、陈晖为总兵，担任北洋水师副将；提郑芝虎为提督同知，担任南洋水军主将，提郑兴、郑明为总兵，担任南洋水师副将。
至于郑彩，就只能让他先跟着郑成功了，主要负责教导郑成功海战知识，同时也负责保护郑成功出行安全，也是总兵衔，不过手下没有五万水军，朱慈炅只是给他配了一千锦衣卫，如果郑成功要来东大营学习水军操练，就由他负责陪同保护。
水师至此就算是组建完成了，虽然风帆战列舰还没有造出来，但两大水师至少可以开始统一操练了，福船也可以开始改装了，至于左轮半自动步枪和左轮手枪，等王恭厂那边造出来，也可以慢慢给他们装备了。
鉴于大明沿海最近并没有什么安全隐患，朱慈炅干脆令北洋水师和南洋水师全部驻扎在东大营操练，边熟悉舰炮的操作，边改造福船，等风帆战列舰一造出来，两大水师差不多就能形成战力了，到时候，东瀛和荷兰入侵者什么的就要小心了，朱慈炅早就看他们不顺眼了，大明也已经忍他们很久了！
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